Αλατοπιπερώνω καλά τα μπουτάκια του κοτόπουλου. Βάζω μια πλασοτέ κατσαρόλα (χαμηλή και φαρδιά) να ζεσταθεί σε μέτρια χωρίς να βάλω λιπαρή ουσία. Μόλις κάψει βάζω τα μπουτάκια (αν δεν χωράνε όλα σε μονή στρώση, τα βάζω ανά δύο) και τα σοτάρω για 3-4 λεπτά σε κάθε πλευρά μέχρι να πάρουν ωραίο χρώμα. Βγάζω τα μπούτια σε ένα πιάτο και τα κρατάω στην άκρη.

Επαναφέρω την κατσαρόλα στη φωτιά και ρίχνω το ελαιόλαδο και το κρεμμύδι, αλατίζω και σοτάρω για 3-4 λεπτά. Προσθέτω το σκόρδο, το αλεύρι, την κανέλα, το γαρύφαλο και τη ρίγανη. Ανακατεύω για 1 λεπτό και προσθέτω το κρασί. Αφήνω να βράσουν τα υλικά μέχρι το κρασί να μειωθεί στο μισό και προσθέτω το ζωμό, τις ντομάτες και τα φύλλα δάφνη. Ανακατεύω και επαναφέρω τα μπούτια στην κατσαρόλα φροντίζοντας είναι καλυμμένα από τα υγρά. Αφήνω να πάρουν βράση, χαμηλώνω τη φωτιά στο ελάχιστο και αφήνω να σιγοβράσουν για 2 ώρες. Ανά 30 λεπτά, ελέγχω και ανακατεύω απαλά.

Σε μια μεγάλη κατσαρόλα με καλά αλατισμένο νερό που βράζει, ρίχνω τις πέννες και τις βράζω σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας. Τις σουρώνω και τις διατηρώ ζεστές.

Βγάζω το κοτόπουλο από την κατσαρόλα, αφαιρώ το δέρμα και τα κόκκαλα και ψιλοκόβω το ψαχνό. Ρίχνω το ψαχνό στη σάλτσα και αφήνω να πάρει βράση.

Σερβίρω τις πέννες σε μεγάλη πιατέλα και μοιράζω τη σάλτσα με το κοτόπουλο. Πασπαλίζω με παρμεζάνα και σερβίρω αμέσως.