Πλένω και σκουπίζω καλά τα μήλα. Κόβω οριζοντίως με ένα μαχαίρι τα «καπάκια», δηλαδή το επάνω μέρος κάθε μήλου, εκεί που βρίσκεται το κοτσάνι. Αφήνω τα «καπάκια» στην άκρη.

Προθερμαίνω το φούρνο στους 180°C. Βάζω τα μήλα όρθια σε ένα μικρό ταψάκι. Επάνω σε κάθε μήλο, στην κομμένη τους επιφάνεια, μοιράζω τα κυβάκια του βουτύρου και πασπαλίζω με την κανέλα και την καστανή ζάχαρη.

Ρίχνω στο ταψί τη Μαυροδάφνη, ανάμεσα στα μήλα (δεν τα περιχύνω) και προσθέτω πασπαλιστά τα σποράκια (ή τη σκόνη) της βανίλιας. Ψήνω τα μήλα για 25 - 35 λεπτά, μέχρι να σκουρύνουν, να μαλακώσουν και να ζαρώσουν. Τα αφήνω να κρυώσουν για λίγα λεπτά.

Στο μεταξύ, χτυπάω το γιαούρτι με ένα πιρούνι για να αφρατέψει και αφήνω κατά μέρος. Λιώνω την κουβερτούρα μέχρι να λιώσει σε μπεν μαρί, δηλαδή την ανακατεύω σε ένα ανοξείδωτο μπολ, στερεωμένο στα χείλη μιας κατσαρόλας στην οποία σιγοβράζει λίγο νερό.

Μοιράζω τα μήλα σε πιάτα και τα ραντίζω με το λιγοστό υγρό του ταψιού. Βάζω από 1 - 2 κουτ. σούπας γιαούρτι επάνω σε κάθε μήλο, περιχύνω με τη λιωμένη κουβερτούρα και πασπαλίζω με το φιλέ αμυγδάλου. Σερβίρω αμέσως.