Σε μια κατσαρόλα βάζω το ελαιόλαδο να ζεσταθεί. Ρίχνω τα κρεμμύδια (φρέσκα και ξερό), τα πράσα, τις πιπεριές, το σκόρδο και το τσίλι. Αλατίζω και σοτάρω για 4-5 λεπτά ανακατεύοντας μέχρι να μαλακώσουν. Σβήνω με το σαμιώτικο κρασί, και μετά από 2 λεπτά προσθέτω το χυμό ντομάτας, τα αμύγδαλα, τα μπαχάρια, τη δάφνη, αλάτι και πιπέρι. Σκεπάζω την κατσαρόλα, χαμηλώνω τη φωτιά και αφήνω τη σάλτσα να σιγοβράσει για 20 λεπτά μέχρι να μελώσει. Αποσύρω από τη φωτιά και ρίχνω τη σάλτσα στο μπλέντερ. Πολτοποιώ μέχρι να λιώσουν όλα τα υλικά και προσθέτω τον μαϊντανό και την κάππαρη.

Προθερμαίνω το φούρνο στους 180°C με αέρα. Αδειάζω τη σάλτσα σε ένα ταψί και την απλώνω. Πιάνω τις σαρδέλες ανά δύο ανοιγμένες και τις τοποθετώ επάνω στη σάλτσα. Ψήνω στο φούρνο για 20 λεπτά. Αποσύρω από το φούρνο, σκορπίζω λίγη ακόμη κάππαρη και ραντίζω με λίγο ωμό ελαιόλαδο. Σερβίρω αμέσως.