Κόβω τις σουπιές σε μέτρια κομμάτια και τις ρίχνω σε μια μεγάλη κατσαρόλα. Προσθέτω το νερό, τη δάφνη, τα κεδροκούκουτσα, τους σπόρους πιπεριού και το σέλινο. Αφήνω να πάρει το νερό μια βράση, χαμηλώνω τη φωτιά και βράζω για 40 λεπτά. Με ένα πιρούνι βγάζω τις σουπιές, τις μεταφέρω σε μια πιατέλα και συνεχίζω να σιγοβράζω το ζωμό, σε πολύ χαμηλή φωτιά, ώστε ίσα που ανακινείται (θα τον χρησιμοποιήσω στο κριθαρότο).
Σε μια φαρδιά και ρηχή κατσαρόλα ζεσταίνω το ελαιόλαδο σε μέτρια φωτιά και σοτάρω το ξερό κρεμμύδι, τα φρέσκα κρεμμυδάκια και το πράσο για 2 - 3 λεπτά, μέχρι να μαλακώσουν. Προσθέτω το κριθαράκι και το σοτάρω για 2 λεπτά, ανακατεύοντας συχνά με μια ξύλινη κουτάλα, μέχρι να γυαλίσουν καλά οι κόκκοι του.
Ρίχνω το μελάνι σουπιάς μέσα στην κατσαρόλα που σιγοβράζει ο ζωμό και με μια κουτάλα της σούπας ρίχνω μια δόση στο κριθαράκι. Ανακατεύω πολύ συχνά (όχι όμως και ασταμάτητα) με μια ξύλινη κουτάλα, πάντα σε χαμηλή προς μέτρια φωτιά, μέχρι το υγρό να απορροφηθεί από το κριθαράκι.
Συνεχίζω τη διαδικασία προσθέτοντας σταδιακά το ζωμό σε δόσεις, φροντίζοντας να ρίχνω κάθε δόση όταν η προηγούμενη έχει πια απορροφηθεί. Το κριθαρότο θα είναι έτοιμο σε περίπου 20 - 25 λεπτά, μέχρι να μελώσει όμορφα.
Περίπου 5 λεπτά πριν αποσύρω από τη φωτιά ρίχνω αλάτι, πιπέρι και το μοσχοκάρυδο και ανακατεύω απαλά.
Σερβίρω το κριθαρότο αμέσως, σκορπίζοντας τους κύβους ντομάτας και πασπαλίζοντας με ψιλοκομμένο άνηθο.
Σας ευχαριστώ!