Προθερμαίνω το φούρνο στους 180°C αερόθερμο. Στρώνω με αντικολλητικό χαρτί τη λαμαρίνα του φούρνου και την αφήνω στην άκρη.
Βάζω την κολοκύθα σε ένα μπολ και προσθέτω το ελαιόλαδο, τα μπαχαρικά, το μέλι, αλάτι και πιπέρι. Ανακατεύω καλά με τα χέρια μου και μεταφέρω τα κομμάτια της κολοκύθας στη λαμαρίνα. Ψήνω στο φούρνο για 15-20 λεπτά μέχρι να μαλακώσει. Βγάζω την κολοκύθα από το φούρνο και την αφήνω στην άκρη μέχρι να την χρειαστώ.
Σε μια μεγάλη κατσαρόλα με καλά αλατισμένο νερό που βράζει ρίχνω τα ζυμαρικά να βράσουν al dente.
Κρατάω λίγους από τους ψημένους κύβους κολοκύθας για το σερβίρισμα και βάζω τους υπόλοιπους στο μπλέντερ. Προσθέτω το τυρί κρέμα και πολτοποιώ καλά.
Βάζω ένα μεγάλο τηγάνι σε δυνατή φωτιά να ζεσταθεί καλά. Ρίχνω το μπέικον και το σοτάρω μέχρι να ροδίσει και να γίνει τραγανό. Τα βγάζω σε ένα πιάτο στρωμένο με χαρτί κουζίνας.
Ρίχνω στο τηγάνι την κρέμα κολοκύθας και προσθέτω 1-2 κουτάλες από το νερό που βράζουν οι πένες. Ανακατεύω και ρίχνω απευθείας τις πένες από την κατσαρόλα στο τηγάνι. Μαγειρεύω στο τηγάνι, ανακινώντας καλά για να ανακατευτούν και προσθέτω τους κύβους κολοκύθας, το που έχω κρατήσει και το μπέικον. Στολίζω με λίγο φρέσκο θυμάρι και σερβίρω αμέσως.
Σας ευχαριστώ!