Βάζω το μετρημένο νερό σε μια μεγάλη κατσαρόλα να πάρει βράση. Ρίχνω τα κυδώνια, το ξύσμα και το χυμό λεμονιού και αφήνω τα υλικά να σιγοβράσουν για 15-20 λεπτά μέχρι να μαλακώσουν (ο χρόνος εξαρτάται από το μέγεθος των κύβων).

Προσθέτω τη ζάχαρη και το τζίντζερ, χαμηλώνω τη φωτιά και μαγειρεύω για περίπου 1 ώρα ανακατεύοντας περιστασιακά.

Αποσύρω από τη φωτιά, προσθέτω την βανίλια και πολτοποιώ με το ραβδομπλέντερ Sencor, απευθείας στην κατσαρόλα. Επαναφέρω στη φωτιά και βράζω για 2 λεπτά. Μοιράζω την μαρμελάδα σε αποστειρωμένα βάζα, τα αναποδογυρίζω και τα αφήνω να κρυώσουν εντελώς.