Προθερμαίνω το φούρνο στους 220°C με αντιστάσεις. Κόβω την κολοκύθα στη μέση και αφαιρώ τους σπόρους. Χαράζω τη σάρκα με ένα κοφτερό μαχαίρι, ραντίζω με 1 κουταλιά από το ελαιόλαδο, αλατοπιπερώνω και τοποθετώ τα κομμάτια σε λαμαρίνα στρωμένη με αντικολλητικό χαρτί με το κομμένο μέρος προς τα κάτω. Ψήνω την κολοκύθα για 50-55 λεπτά. Αποσύρω τη λαμαρίνα από το φούρνο και αφήνω την κολοκύθα να γίνει χλιαρή.

Πλένω καλά την κινόα με τρεχούμενο νερό. Σε ένα κατσαρολάκι ρίχνω 1 κουταλιά από το ελαιόλαδο να ζεσταθεί και σοτάρω το κρεμμύδι και το καρότο μέχρι να γυαλίσουν. Προσθέτω την πλυμένη κινόα και προσθέτω το μετρημένο νερό. Αφήνω να πάρει βράση, χαμηλώνω τη θερμοκρασία και μισοσκεπάζω την κατσαρόλα. Μαγειρεύω για 12 λεπτά μέχρι να απορροφήσει σχεδόν όλο το νερό.

Σε ένα μπολ ανακατεύω το υπόλοιπο ελαιόλαδο τη μουστάρδα, το χυμό λεμονιού, το μηλόξιδο, αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι. Ρίχνω την μαγειρεμένη κινόα, τα καρύδια, το πορτοκάλι και τα ρόδια και ανακατεύω.

Γυρίζω τις κολοκύθες με το κομμένο μέρος προς τα πάνω και τις γεμίζω με την κινόα. Πασπαλίζω με τον λιναρόσπορο και τον μαϊντανό και σερβίρω αμέσως.