1. Βράζω τα ζυμαρικά σε αλατισμένο νερό 3 λεπτά λιγότερο από το χρόνο που προτείνει το πακέτο. Τα σουρώνω και τα διατηρώ ζεστά.

2. Σε ένα μεγάλο τηγάνι ρίχνω το ελαιόλαδο να ζεσταθεί. Ρίχνω το κρεμμύδι και σοτάρω για 2-3 λεπτά. Προσθέτω το σκόρδο και μόλις μυρίσει ρίχνω τα κολοκύθια, τις μελιτζάνες και τις πιπεριές. Σοτάρω ανακατεύοντας για 4-5 λεπτά. Σβήνω με το κρασί και μόλις εξατμιστεί το αλκοόλ προσθέτω τις ντομάτες. Αλατοπιπερώνω και αφήνω τα υλικά να βράσουν μέχρι να εξατμιστούν τα υγρά τους. Αποσύρω το τηγάνι από τη φωτιά, προσθέτω το θυμάρι, τη ρίγανη και τα βρασμένα ζυμαρικά. Ανακατεύω καλά και αδειάζω τα υλικά σε μια γάστρα ή σε ένα πυρίμαχο σκεύος αρκετά ψηλό.

Για την κρέμα

1. Βάζω σε μια κατσαρόλα το βούτυρο να λιώσει. Προσθέτω το αλεύρι και ανακατεύω με το σύρμα μέχρι να απορροφηθεί από το βούτυρο. Καβουρδίζω για 2-3 λεπτά και προσθέτω το γάλα. Ανακατεύω συνέχεια μέχρι να δημιουργηθεί μια πυκνή κρέμα.

2. Αποσύρω από τη φωτιά, αλατοπιπερώνω, προσθέτω τα αυγά και ανακατεύω γρήγορα μέχρι να απορροφηθούν εντελώς. Τέλος, προσθέτω το γιαούρτι, τη γραβιέρα και το μοσχοκάρυδο και ανακατεύω.

3. Αδειάζω την κρέμα στην γάστρα και στρώνω καλά με ένα κουτάλι.
   Ψήνω το παστίτσιο για 40-45 λεπτά μέχρι να ροδίσει. Βγάζω από το φούρνο και το αφήνω για 20 λεπτά πριν αρχίσω να σερβίρω.